秘魯瀕臨太平洋，沿海多優(yōu)良港口，海運(yùn)發(fā)達(dá)，是對外貿(mào)易的主要運(yùn)輸方式。內(nèi)陸地區(qū)尤其是亞馬遜地區(qū)河流縱橫，水路運(yùn)輸便利。秘現(xiàn)有海港19個(gè)，河港4個(gè)，湖港1個(gè)，其中卡亞俄等港口設(shè)備比較先進(jìn)，管理比較規(guī)范，現(xiàn)代化程度較高。
1、卡亞俄（Callao）
位于該國海岸中部，毗鄰首都利馬，是秘魯最大港口，也是南美在太平洋的主要港口之一。港區(qū)有南北兩條防波堤合抱，港外西南有圣洛倫島作屏障，港內(nèi)中部和南部有從陸岸向西北伸展的大突堤和向西伸展的四個(gè)小突堤。大突堤兩側(cè)各有一個(gè)泊位，水深9.7-10.9米；小突堤南有4個(gè)順岸泊位水深10-10.9米。此外，從南防波堤向東北伸展的突堤兩側(cè)有4個(gè)泊位，水深9.1-10.6米；西北防波堤內(nèi)還有兩個(gè)油輪泊位，水深10.9米。全港總計(jì)有23個(gè)泊位。秘魯對外貿(mào)易主要依靠該港口。近年來，因秘進(jìn)出口貿(mào)易增長，其吞吐量不斷提高，2010年達(dá)3100萬噸，占全國港口吞吐總量的45%;集裝箱吞吐量達(dá)134萬標(biāo)準(zhǔn)箱，占全部港口的88%.入港船舶3672艘次，出港船舶3664艘次，占全國港口接待船舶數(shù)量的29.6%.秘魯對外貿(mào)易有70%的商品都經(jīng)由該港裝卸。
2、派塔港（Paita）
位于皮烏拉大區(qū)派塔省，是秘魯西北的重要綜合性商港。水深10.67米，可系泊4艘1萬噸的船只。港內(nèi)有5個(gè)泊位，適合全長170.68米，吃水9.14米的船只。泊位上有些起重機(jī)，拖拉機(jī)，軌道拖車和貨物鏟車，還有拖船可使用。鋼筋混凝土防波堤，長365米，寬36米。良好的錨地，水深12.80-18.29米，距海岸0.8-1.61公里。該港以特許經(jīng)營權(quán)方式交由外資企業(yè)運(yùn)營管理，2010年吞吐量達(dá)127萬噸，其中集裝箱貨物吞吐量為96萬噸，12.6萬標(biāo)準(zhǔn)箱。
3、伊洛港（Ilo）
秘魯南部重要港口，位于莫蓋瓜大區(qū)伊洛省。港內(nèi)深水防波堤長304.8米，設(shè)有2個(gè)泊位，每個(gè)長196.4米，水深10.97米。一個(gè)順岸碼頭，長105.12米，最小水深為7.01米，防波堤泊位主要用作魚粉出口裝船。另一條防波堤長457.2米，原屬秘魯南方銅礦有限公司。兩邊的泊位長182.88米，水深10.97-18.28米，使用船上的裝置卸貨物。第一海上油船泊位，北距伊洛鎮(zhèn)0.5公里，有1根直徑6英寸海底油管，將海上油船泊位與鎮(zhèn)上煉油廠的貯油罐連接起來。該泊位還設(shè)有1根4英寸的輸出魚油的管道，用以出口魚油。第二海上油船泊位，距伊洛市北面，有海底油管通向銅礦公司的貯油罐。第一海上油船泊位能系泊45000載重噸的油輪。2010年該港吞吐量282萬噸，以液體散貨為主，其次是干質(zhì)散貨，集裝箱吞吐量為3.1萬標(biāo)準(zhǔn)箱。
4、馬塔拉尼港（Matarani）
位于該國南部阿雷基帕大區(qū)東南，秘魯重要商港，是秘魯政府通過轉(zhuǎn)讓特許經(jīng)營權(quán)方式實(shí)施私營化的第一個(gè)多用途港口，現(xiàn)代化程度較高，港內(nèi)吊機(jī)最大吊裝重量達(dá)63噸。港區(qū)在由陸向西南伸展的岬角西北岸，有岬角頂端向北伸展600米長的防波堤保護(hù)，港池水深11米，有4個(gè)順岸泊位，各長150米，沿邊水深9.15米。主要用于出口礦石、羊毛、咖啡、皮革等并進(jìn)口雜貨。2010年吞吐量達(dá)448萬噸，主要是散貨，集裝箱吞吐量僅為1.8萬標(biāo)準(zhǔn)箱。
5、伊基托斯港（Iquitos）
位于秘魯洛雷托大區(qū)東北部，是亞馬遜河上的重要港口。港區(qū)水深超過18米，河面寬600米。從巴西的亞馬遜河河口港貝倫逆流而上，大概需要10-12天航程，因航道中有沙洲，中間可能需系泊待航兩次。遠(yuǎn)洋輪全年可抵達(dá)，但易受到河水水位漲落的影響。在洪水季節(jié)（每年的11月至次年的6月），河道最大吃水為7.92米，而7-10月的最大水深為5.49米。2010年該港口吞吐量為98萬噸。進(jìn)港船只3850艘次，出港3887條，占全國港口進(jìn)出港船舶數(shù)量的31.2%.
除以上港口外，皮斯科（位于南部，包括圣馬丁港，主要的油氣輸出港）、塔拉拉（北部，主要的石油輸出港）、巴約瓦爾和欽博特等港口也比較重要。
